Он был открыт в декабре 1999 года для сохранения и изучения природных комплексов среднегорья Западного Алтая. Общая площадь – свыше 40 тысяч гектаров, площадь охранной зоны – 26 тысяч гектаров. Заповедник располагается на территории трёх районов региона – Змеиногорского, Третьяковского и Краснощёковского.